Jurusan Akuntansi Politeknik Negeri Balikpapan berawal dari kelas kerjasama D3 Perbankan Keuangan antara Politeknik Negeri Balikpapan dan Politeknik Negeri Semarang tahun 2014 sebanyak 1 kelas. Pada tahun 2016 Politeknik Negeri Balikpapan mengajukan pembukaan program studi Perbankan dan Keuangan dan disetujui dengan nomor izin 349/KPT/I/2017 tertanggal 13 Septeber 2016. Pada tahun 2017, akhirnya program studi Perbankan dan Keuangan resmi dibuka di Politeknik Negeri Balikpapan dan menerima mahasiswa baru angkatan pertama sebanyak 63 orang.
Tahun 2018 Prodi Perbankan dan Keuangan melakukan proses akreditasi dan memperoleh nilai akreditasi dengan B. Kemudian pada tahun 2019, Politeknik Negeri Balikpapan mengajukan pembukaan program studi baru yaitu D4 Akuntansi Perpajakan, yang disetujui dengan nomor izin 573/M/2020 tertanggal 17 Juni tahun 2020. Politeknik Negeri Balikpapan resmi membuka pendaftaran mahasiswa baru, dengan jumlah mahasiswa baru angkatan pertama 1 kelas (25 mahasiswa).
Penetapan jurusan akuntansi yang menaungi prodi Sarjana Terapan Perbankan dan Keuangan Digital dan Sarjana Terapan Akuntansi Perpajakan ditetapkan melalui SK Direktur Nomor 5 Tahun 2020.
